Wenn dein Hund in eine Hundetasche passt, dann würde ich es mit einer solchen versuchen. Ich habe meine Hündin zwar recht schnell nach der Adoption (sie war da allerdings schon knapp 1 Jahr alt) an das U-Bahn und Zug fahren gewöhnt, aber weder ich noch die Pflegestelle hätten es bei dem hibbeligen Jack Russel-Mischling für möglich gehalten 4 Stunden ruhig im Zug zu verbringen - es klappt!
Ich würde langsam mit 1-2 Stationen anfangen und schauen, dass der Hund ggf. die Angst vor dem Geruckel und den Menschen verliert. Vermittle du ihr ebenfalls Ruhe.
Vor einer längeren Fahrt auf jeden Fall gut auslasten und schauen, dass sie ihr Geschäft verrichtet hat ;-)
Edit: Schau, dass du ein Abteil buchst; wenn es eine Ruhelounge gibt, dann den Sitz direkt hinter der Fahrerkabine. Dort kannst die Tasche vor dir auf Ablage stellen und Hundi ggf. mit Leckerlies oder Streicheleinheiten beruhigen.