Ich bin hier eigentlich voll bei Tom, dass eine regelmäßige Entwurmung total Sinn macht und auch nicht die Darmflora zerstört. Was man aber bedenken sollte, dass nicht jeder Hund jedes Mittel verträgt. Wir hatten auch schon mal eine Wurmkur, wo Balto total Durchfall hatte und dann echt ne Weile gebraucht hat, bis sich alles wieder eingependelt hat (er ist auch so ein Magen Darm Sensibelchen und neigt schnell zu Durchfall). Mit einem anderen Präparat war beim nächsten Mal alles gut.
Du schreibst auch, dass er monatlich was gegen Flöhe bekommt. Das ist auf jeden Fall etwas, das ich auch mal mit ins Auge fassen würde. Auch hier, nicht jeder Hund verträgt jedes Mittel. Ich würde tatsächlich beides mal einen Monat weg lassen und schauen, ob das irgendwelche Auswirkungen hat.
Ansonsten kann ich euch auch nur eine Ausschlussdiät empfehlen. Bei einem Junghund macht man das eigentlich nicht anders als bei einem Erwachsenen. Der einzige Unterschied ist, dass ein erwachsener Hund wesentlich länger klarkommt, wenn er nicht bedarfsdeckend ernährt wird. Beim erwachsenen Hund probiert man deshalb normalerweise erst mal Fleisch, Gemüse und KH, bevor man Mineralstoffe ergänzt. In eurem Fall würde ich tatsächlich mit einer Fleisch und einer KH Quelle anfangen (beides etwas, das er noch NIE bekommen hat). Am besten kochen, weil das nochmal wesentlich leichter verdaulich ist als roh. Wenn er dann 2 Wochen mal stabil war, würde ich eine Mineralstoffmischung speziell zum Kochen als neue Komponente ausprobieren. Wenn er das dann verträgt, könnt ihr in aller Ruhe langsam weitere Lebensmittel testen und später auf ein passendes Futter umstellen. Wenn ihr euch unsicher seid, gerade wegen dem Wachstum, solltet ihr euch an eine kompetente Ernährungsberatung wenden.
Ach ja, als erste Hilfe Maßnahme könnt ihr mal versuchen, Flohsamenschalen ins Futter zu geben. Das löst natürlich nicht die Ursache des Problems, aber es lindert ein bisschen die Symptome.
Und noch ein kleiner Nachtrag zum Thema Pubertier: selbst das beste Futter der Welt kann durchaus mit Durchfall enden, wenn der Rüde ein bisschen verliebt ist und viel Stress hat. Aber dann sollte er zumindest in Ruhe festen Kot haben. Sprich, macht mal 1-2 Tage Pause, absolut keine Action, keine Hundegerüche, nichts was ihn aufregt. Wenn er dann trotzdem noch Durchfall hat, liegt es wahrscheinlich eher am Futter. Bei uns ist auch so der Klassiker, am Anfang vom Gassi kommt noch normaler Kot, und dann wird es immer weicher (er macht dann auch öfter, je länger wir unterwegs sind). Das ist auch eher ein Zeichen für Stress als Unverträglichkeit.