Als Ergänzung zu Annabell, die das in meinen Augen gut erklärt hat: Damit der Welpe dich besser kennenlernt und dir mehr vertraut, musst du Zeit mit ihm verbringen. Das lässt sich auch gut mit Regeln und Führung verbinden.
Regeln und Grenzen find ich auch deshalb wichtig, weil der Hund ja schon SEHR deutlich gewehrt hat. Das war weder Abschnappen noch Zwicken, wenn der Nagel es nicht überlebt hat. Ja, von oben nach ihm greifen, das finden Hunde uncool, aber Hunde können da in verschiedenen Stufen reagieren und auch wenn du knurrend begrüßt wirst, ist das alles andere als respektvoll. An Stelle deiner Frau, die der Hund ja scheinbar akzeptiert, würd ich da auch dem Hund klarmachen, dass das nicht geht.
Auf der anderen Seite natürlich Vertrauen zu dir aufbauen: Du kannst zusammen mit deiner Frau in der Wohnung zB Rückruftraining machen. Ihr lockt sie abwechselnd und belohnt sie, wenn sie kommt. Da sie dich besonders gruselig zu finden scheint, nimmst du dann am besten die höherwertigen Leckerchen, dass es sich für sie besonders lohnt, sich bei dir zu überwinden. Loben, wenn sie sich auch von dir anfassen lässt.
Du kannst auch die Fütterung übernehmen. Hier dann ruhig drauf achten, dass sie erst ans Futter geht, wenn du es freigibst. Davor wird brav gewartet.
Zur Box könnt ihr auch weiter üben, sowohl das Reingehen als auch das Rauskommen. Du könntest es auch mit dem Einstieg von Fährtenarbeit kombinieren. Den Hund reinschicken, draußen vom Ausgang aus eine Futter-Fährte aufbauen und dann schicken. Dann heißt Rauskommen nicht sofort angefasst und angeleint werden (wobei auch das ja irgendwann funktionieren soll), sondern Futtern und gelobt werden.
Je mehr Interaktion mit dem Hund, die klar geregelt ist, desto mehr lernt auch der Hund, dich einzuschätzen, dich zu lesen und somit auch dir zu vertrauen. Und andersrum genauso. Und alles geht immer mit klaren Regeln einher, an denen sich der Hund orientieren kann, aber auch dran halten muss.