Nassfutter ich sowieso bereits erhitzt, das heißt die Mikrowelle sollte keine zusätzlichen Nährstoffe kaputt machen, insbesondere wenn du es nur von kühlschrank- auf zimmerwarm erhitzt. Im Gegensatz dazu haben Keime die Gelegenheit sich auszubreiten, wenn es über längere Zeit draußen steht, wir reden hier ja tatsächlich von Fleisch.
Ich würde also einfach die Mikrowelle nehmen, gut umrühren und aufpassen, dass es keine zu heißen Stücke gibt, an denen er sich verbrennen kann.
Naja, der Vitaminverlust durchs Erhitzen ist vom Hersteller ist ja mit einberechnet und wird dann durch zb Zusätze ausgeglichen. Nochmal erhitzen vom Hundebesitzer ist nicht eingerrechnet und vorallem B Vitamine sind durchaus Hitzeempfindlich. Die Vitamine verschwinden aber natürlich nicht auf einen Schlag, ein klein wenig erwärmen ist kaum ein Problem, beim so richtig warm machen geht aber durchaus etwas verloren.
Aber wie du bereits sagst, sollte man auch bei Keimen, gerade im Sommer aufpassen, also nicht ewig bei warmen Temperaturen rumstehen lassen.