Da würde ich mir erst mal nicht direkt Sorgen machen. Mal aus meiner Erfahrung: Er ist immerhin noch sehr klein, in dem Alter haben Hunde für gewöhnlich kaum Kontrolle darüber, wann was raus muss. Das äußert sich vor allem, wenn überhaupt, nur in einer Unruhe. Lumi z.B. ist auch eher ruhig, hat aber in der Zeit spontan aufgedreht, gezwickt und extrem zum Spielen aufgefordert. Ich dachte erst, es sind die berühmten fünf Minuten, bis ich schnell bemerkt habe, dass das damit zusammen hängt, dass sie eigentlich mal muss. Ich denke sie merken bestenfalls, dass sich in ihrem Körper überhaupt irgendwas komisch anfühlt, einordnen können sie das Gefühl wahrscheinlich nicht. Habt ihr glatte harte Böden? Dann dürfte die weiche Box sicher direkt daran erinnern, dass er draußen ein Geschäft vergessen hat.
Ich würde ihn einfach etwas häufiger raus bringen, und natürlich immer ganz doll freuen, wenn er draußen kackt oder pinkelt. Wenn es drinnen passiert, egal ob Box oder nicht, einfach kommentarlos wegmachen, ohne trara. Eventuell kannst du auch etwas am seinem Fütterungsrhythmus drehen: nur zwei statt drei Mahlzeiten (bei selber Tagesration) macht gerade das große Geschäft berechenbarer für dich, weil die größere futtermenge direkt hinten drücken dürfte. Also am besten spätestens 10 Minuten nach dem Essen raus bringen.
Generell richtet ihr euch ja gegenseitig noch aufeinander ein, das wird schon. Für ihn ist auch alles neu, sogar das allein in die Box gehen, außerhalb der gewohnten Zeit, kann aufregend sein - und bei Aufregung kommt halt gern mal was mit.
Ach ja: Freu dich übrigens, dass er sich generell in dem Alter schon meldet, bei manchen dauert das mehrere Monate :) da kannst du gut drauf aufbauen.