Ein viel größeres Problem stellt bei Kotuntersuchungen die Präpatenzzeit dar, weshalb es dadurch zu falsch negativen Ergebnissen kommen kann. Diese sind in sofern falsch, als dass tatsächlich ein Wurmbefall vorliegt, jedoch noch keine Eiausscheidung stattfindet. Ist dies der Fall und findet die nächste Untersuchung erst in mehreren Wochen bis Monaten statt, so haben die Würmer ausreichend Zeit für Entwicklung, Eiausscheidung und Kontamination der gesamten Umgebung. Die Wurmkuren ermöglichen dabei eine sichere Entwicklungsunterbrechung, der Wurm stirbt also ab, bevor dieser mit der Eiausscheidung beginnen kann.
Nehmen wir den Fuchsbandwurm als Beispiel: Wenn der Hund regelmäßig jagen geht, Mäuse frisst und/oder unbeaufsichtigt draußen ist, so kann dieser über die Beutetiere Metacestoden aufnehmen, die sich wiederum im Hund zum adulten Bandwurm entwickeln. Die Entwicklung bis zur Eiausscheidung dauert vier Wochen (Präpatenzzeit), anschließend kann sich der Mensch mit den Eiern infizieren, wobei lebensbedrohliche Erkrankungen entstehen. Hat sich der Hund nun infiziert, erhält aber nach dem ESCCAP-Schema (höchstes Risiko) alle vier Wochen eine Wurmkur, so kann es nicht zu einer Eiausscheidung kommen, selbst wenn der Hund sich direkt nach der Wurmkur infiziert hat. Nutzt man jedoch eine Kotuntersuchungsmethode, so lässt sich der Befall vier Wochen lang nicht nachweisen und zusätzlich ist der Nachweis von Bandwurmeiern unsicher. Vertraut man auf das negative Ergebnis, so kann der Hund bis zur nächsten Untersuchung massiver Eiausscheider sein und Menschen infizieren.
Dieses Beispiel ist natürlich das gefährlichste Beispiel, nichts desto trotz stellen auch andere Würmer Gefahren für Menschen und Tiere dar. Die Kotuntersuchung ist nur aussagekräftig, sofern ein positives Ergebnis vorhanden ist, andernfalls ist ein Befall nicht auszuschließen. Dem Risiko sollte man sich also bewusst sein.