Eine Freundin hatte das mal, dass ihre Hündin angefangen hat jede Nacht "aus dem Nichts" zu bellen. Nach einiger Zeit hat sich raus gestellt, dass eine andere Halterin aus der Nachbarschaft, die nicht mit ihren Hunden klar gekommen ist zu dieser Zeit raus geht, um anderen Hunden aus dem Weg zu gehen. Und die hatten sich schon so angefeindet, dass das vorbei gehen am Haus ein Trigger war für das nächtliche Bellen.
Ich würde erstmal versuchen herauszufinden, was nachts passiert. Vielleicht eine Kamera Richtung Garten aufstellen. Überlegungen, ob es immer zur gleichen Uhrzeit ist, hat man noch was gesehen, als ihr dann den beiden hinterher gekommen seid.
Als Lösungsansätze würde mir einfallen die Türen nachts zu schließen. Also wenn sie bis in den Garten durch rennen, klingt das ja so, als ob bis dahin auch alles geöffnet ist. Das kann die Frustration aber auch insbesondere am Anfang steigern, aber würde, falls zum Beispiel ein Tier im Garten ist, was die beiden mitbekommen und verjagen, den Erfolg des Verhaltens unterbrechen.
Ansonsten vielleicht nochmal auch tagsüber genauer gucken, wie das Verhalten im Garten ist. Und schauen, ob die beiden da auch dazu neigen den Garten zu bewachen oder akzeptieren, dass ihr für die Sicherheit sorgt.
Vielleicht hilft es auch, wenn ihr nachts nochmal mit euren Hunden gemeinsam den Garten ab geht. Vielleicht sogar an der Leine.
Ansonsten bei einem Recht gefestigten Verhalten, was so erstmal Recht schwammig wirkt, kann euch auch ein Hundetrainer bestimmt besser helfen die Ursache zu finden und konkretere Lösungsansätze.